中國一家生物研究機(jī)構(gòu)分析了此前發(fā)布的中華菊頭蝠分離所得相似度最高的病毒序列,四個(gè)鑲嵌體其中三個(gè)都有,“所以不存在人為,應(yīng)該是天然存在”。
“如果發(fā)生過人工編輯,我們可以檢測(cè)到人工編輯的證據(jù)。在這種情況下,現(xiàn)在根本沒有證據(jù)表明人工編輯的情況存在。”
1月29日,工作人員演示新型冠狀病毒mRNA疫苗研發(fā)實(shí)驗(yàn)過程。(新華社記者 丁汀/圖)
因?yàn)榈靥幬錆h疫區(qū)的中心,中科院武漢病毒研究所以及旗下的P4實(shí)驗(yàn)室,成為輿論的暴風(fēng)眼,一直追蹤SARS病毒的研究員石正麗及其團(tuán)隊(duì)也被推上了風(fēng)口浪尖。
據(jù)《中國科學(xué)報(bào)》報(bào)道,2003年的SARS疫情之后,國家為了加大對(duì)新發(fā)傳染病病原研究,在武漢病毒研究所成立了生物安全最高等級(jí)P4級(jí)別的實(shí)驗(yàn)室。近來,隨著武漢疫情的極速升級(jí),武漢病毒所遭受到連串質(zhì)疑,包括被疑病毒是從該所泄漏。
最新的質(zhì)疑來自印度。2020年1月31日,生物學(xué)在線學(xué)術(shù)網(wǎng)站《bioRxiv》發(fā)表了印度研究人員Prashant Pradhan等人關(guān)于“2019年新型冠狀病毒(2019-nCoV)”的研究論文。論文指出,他們?cè)诋?dāng)前引起大規(guī)模流行病疫情的2019-nCoV的突刺糖蛋白中,發(fā)現(xiàn)了4個(gè)僅存在2019-nCoV中的獨(dú)特鑲嵌體,其氨基酸殘留與艾滋病毒中的氨基酸一致或類似。而這種情況,不太可能在自然界中偶然出現(xiàn)。
該論文在國內(nèi)外學(xué)術(shù)界引起廣泛爭論,并于2月2日正式被撤稿。發(fā)表該論文的《bioRxiv》是成立于2013年的生物科學(xué)開放獲取預(yù)印本資料庫,也是中國科學(xué)家展示學(xué)術(shù)成果,進(jìn)行國際交流的一個(gè)平臺(tái)。上傳于此的論文暫未經(jīng)過同行評(píng)議。
對(duì)此印度研究人員的結(jié)論,中國一家生物研究機(jī)構(gòu)的研究員郵件回復(fù)南方周末記者稱,HIV病毒和武漢新冠病毒都為自然界存在,她所在研究機(jī)構(gòu)分析了此前發(fā)布的中華菊頭蝠分離所得相似度最高的病毒序列,四個(gè)鑲嵌體其中三個(gè)都有,“所以不存在人為,應(yīng)該是天然存在”。
2020年1月23日,《bioRxiv》發(fā)表了來自石正麗研究團(tuán)隊(duì)的研究論文。該研究稱,成功從此次疫情中的一名武漢患者病例樣本中分離出武漢2019新冠病毒,這為后續(xù)病毒致病機(jī)理、宿主尋找、疫情控制奠定扎實(shí)基礎(chǔ)。同時(shí),發(fā)現(xiàn)在整個(gè)基因組水平上,2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒的同源性為96%,這意味著,蝙蝠極有可能是武漢新型冠狀病毒的宿主。
石正麗團(tuán)隊(duì)發(fā)表于2015年一項(xiàng)研究成果,也成為“攻擊”的靶心。2015年,石正麗團(tuán)隊(duì)在《自然》雜志上發(fā)表論文,他們用中華菊頭蝠分離出的spike蛋白加小鼠中的SARS-CoV病毒骨架,嵌合成了一種新的病毒。該病毒在小鼠體內(nèi)產(chǎn)生很高的病毒載量與致病的癥狀。該論文寫道:“我們的工作表明,目前在蝙蝠種群中傳播的病毒,有重新出現(xiàn)SARS冠狀病毒的潛在風(fēng)險(xiǎn)。”
與之相對(duì)應(yīng),石正麗的學(xué)生,同樣來自武漢病毒所的研究員周鵬,曾在2018年發(fā)現(xiàn)過一種可致豬腹瀉的冠狀病毒,他在接受采訪時(shí)解釋說:“當(dāng)然它們還都屬于冠狀病毒,而且在實(shí)際操作中,我們發(fā)現(xiàn)在同一只菊頭蝠中同時(shí)攜帶了SARS樣冠狀病毒和這次豬病的病毒。而冠狀病毒重組很厲害,就像搭積木一樣,我的模塊放在你那里,你的模塊放在我這里,說不定將來重組成什么。”
綜合而言,有懷疑者指出,2019-nCoV有可能來自人工編輯,以及武漢病毒所掌握了編輯病毒且編輯出動(dòng)物傳人的病毒的技術(shù)。
近日,美國《科學(xué)》雜志記者喬恩·科恩(Jon Cohen)撰文回溯了石正麗的學(xué)術(shù)研究歷史以及2015年的研究成果。2月3日他接受南方周末記者采訪稱,2019-nCoV為人工編輯的可能性不大。
石正麗2015年的上述研究成果在科學(xué)界引起了一定的爭議。當(dāng)初,美國新澤西州羅格斯大學(xué)分子生物學(xué)家理查德·埃布賴特(Richard H. Ebright)曾公開表示,并不支持石正麗當(dāng)年的該項(xiàng)研究。但是,近日他在接受南方周末記者采訪時(shí)也明確表示,2019-nCoV為人工編輯病毒的猜測(cè)非常荒謬。
與此同時(shí),與石正麗有過多年學(xué)術(shù)合作的美國生態(tài)健康聯(lián)盟主席、生態(tài)學(xué)家彼得·達(dá)薩克(Peter Daszak),于2020年2月4日接受了南方周末記者的郵件采訪。2013年,石正麗在《自然》雜志發(fā)表題為《利用ACE2為受體的蝙蝠SARS樣冠狀病毒的分離鑒定》的論文,彼得·達(dá)薩克是該論文的共同作者。這篇論文得出結(jié)論,為中華菊頭蝠是SASR冠狀病毒的自然宿主提供了最直接的證據(jù),并且暗示蝙蝠源的冠狀病毒可以不通過中間宿主而直接傳播到人。
彼得·達(dá)薩克明確表示,印度學(xué)者的論文并不可靠。他說,現(xiàn)在沒有證據(jù)表明2019-nCoV為人工編輯病毒,石正麗團(tuán)隊(duì)的研究對(duì)公共衛(wèi)生非常有用,外界誤解了該項(xiàng)工作。“研究者們顯然是對(duì)的,這次暴發(fā)表明這項(xiàng)工作預(yù)測(cè)正確。”
外界誤解了石正麗的研究
南方周末:石正麗發(fā)表論文認(rèn)為,2019-nCoV可能的起源是云南蝙蝠攜帶的RaTG13,有96.2%的全基因組序列相似性。不過,科學(xué)界也有人認(rèn)為,2019-nCoV起源于舟山蝙蝠bat-SL-CovZC45,全基因組序列相似性大概為88%,而且與武漢新冠病毒的Envelope蛋白氨基酸序列是100%相同。你認(rèn)為武漢新型冠狀病毒更接近哪一個(gè)?這么高的相似度意味著什么?
彼得·達(dá)薩克:目前只有石正麗(及周鵬等人)發(fā)表在《自然》雜志上的論文,可以作出SARSr-CoV RaTG13(相似度96%)的分析,因?yàn)闃颖驹谖錆h病毒所內(nèi)。其他作者不擁有那種病毒,他們能夠分析的最近的病毒親屬是來自GenBank(受訪者注:GenBank是一個(gè)開放獲取的DNA序列數(shù)據(jù)庫)的SARSr-CoV ZC45(相似度88%)。在我看來,RaTG13顯然是武漢新型冠狀病毒的近親。
然而,我們預(yù)計(jì)在中國南方還會(huì)有許多其他的冠狀病毒存在于蝙蝠身上,而且可能有大量的冠狀病毒更接近于武漢新型冠狀病毒。因此RaTG13可能不是這種新病毒的直接祖先。
我們?cè)赟ARS中看到了類似的情況。當(dāng)我們?cè)?005年采樣蝙蝠時(shí),發(fā)現(xiàn)一些病毒與SARS-CoV(SARS冠狀病毒)有98%的相似度,但它們不能與人類細(xì)胞結(jié)合?,F(xiàn)在,15年過去了,我們已經(jīng)鑒定出五十多種SARSr-CoV(SARS相關(guān)的冠狀病毒),其中許多更接近于SARS-CoV,還有其中一些可以感染人類細(xì)胞。
南方周末:中科院武漢病毒研究所的P4實(shí)驗(yàn)室內(nèi),儲(chǔ)存了很多蝙蝠冠狀病毒,據(jù)你的了解,包括上述兩種病毒(云南蝙蝠病毒與舟山蝙蝠病毒)嗎?
彼得·達(dá)薩克:他們并沒有真正地“儲(chǔ)存”病毒。他們有蝙蝠樣本(血液、糞便、唾液、尿液),并且已經(jīng)確定了它們攜帶的病毒的基因序列。在極少數(shù)情況下,他們能夠?qū)⒉《痉蛛x到培養(yǎng)液中。
南方周末:2015年,石正麗團(tuán)隊(duì)用中華菊頭蝠分離出的spike蛋白加小鼠中的SARS-CoV病毒骨架,嵌合成了一種新病毒,并在小鼠體內(nèi)產(chǎn)生很高的病毒載量與致病的癥狀。這項(xiàng)研究在當(dāng)時(shí)引起了爭議,認(rèn)為是打開了魔盒,也成為這次武漢疫情外界質(zhì)疑石正麗團(tuán)隊(duì)的焦點(diǎn)之一。你如何看待石正麗團(tuán)隊(duì)當(dāng)年的這項(xiàng)研究?
彼得·達(dá)薩克:這項(xiàng)工作被許多人誤解,它實(shí)際上對(duì)公共衛(wèi)生非常有用。因?yàn)樗兄谧C明這些蝙蝠病毒是否真的能感染人類細(xì)胞,以及它們是否可能導(dǎo)致人類患病。當(dāng)時(shí),他們證明了這些來自蝙蝠進(jìn)化枝的2b冠狀病毒是一個(gè)需要仔細(xì)研究的群體,而且它們威脅到公共健康。研究者們顯然是對(duì)的,這次暴發(fā)表明這項(xiàng)工作預(yù)測(cè)正確。
印度論文不可靠
南方周末:印度研究人員不久前發(fā)表了一篇引起關(guān)注的論文,稱發(fā)現(xiàn)武漢新冠病毒的spike蛋白有四個(gè)片段與艾滋病毒相似,稱這不太可能是偶然的。石正麗認(rèn)為那是不可靠的“學(xué)術(shù)分析”。你有進(jìn)一步支持或者反駁印度論文的依據(jù)嗎?
彼得·達(dá)薩克:石正麗是對(duì)的,這篇論文不可靠。實(shí)際上由于科學(xué)家們的強(qiáng)烈批評(píng),現(xiàn)在這篇論文已經(jīng)被撤了。問題是,如果你分析這些所謂的類艾滋病毒插入物,它們也與一系列其他無害的生物體非常相似。這只是一次偶然,與生物學(xué)無關(guān)。
南方周末:武漢病毒所研究員周鵬在接受媒體采訪時(shí)說:“我們發(fā)現(xiàn)在同一只菊頭蝠中同時(shí)攜帶了SARS樣冠狀病毒和豬病的病毒。而冠狀病毒重組很厲害,就像搭積木一樣,我的模塊放在你那里,你的模塊放在我這里,說不定將來重組成什么。”這是否意味著冠狀病毒能不斷重組出新的病毒?人工編輯病毒能看得出人工痕跡嗎?
彼得·達(dá)薩克:在野外有如此多的蝙蝠,它們身上攜帶這么多的病毒,有時(shí)一個(gè)動(dòng)物攜帶不止一個(gè)病毒。當(dāng)病毒復(fù)制時(shí),它們可以合并它們的基因組。這種“重組”產(chǎn)生了新的病毒,其中大多數(shù)可能無法生長和存活,但也有一些可以。
是的,如果發(fā)生過人工編輯,我們可以檢測(cè)到人工編輯的證據(jù)。在這種情況下,現(xiàn)在根本沒有證據(jù)表明人工編輯的情況存在。
大自然是每天都有新病毒進(jìn)化的終極實(shí)驗(yàn)室,有成千上萬的病毒是從未在哺乳動(dòng)物身上發(fā)現(xiàn)的,希望我們能在出現(xiàn)更多流行病之前,找到所有這些病毒。
南方周末:武漢病毒所曾公布一種叫做BatCoV RaTG13的冠狀病毒與新型冠狀病毒具有96.2%的序列相似性。然而,一種病毒發(fā)現(xiàn)近7年后,序列還能保持如此相似度是正常的嗎?這種病毒“暴露在自然條件下近7年后發(fā)生了獲得感染人能力的變異的可能性”,是不是遠(yuǎn)低于“這種病毒在實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中被保存近7年,近日才變異并釋出的可能性”?
彼得·達(dá)薩克:這個(gè)序列來自一個(gè)樣本。樣本已經(jīng)冷凍多年,病毒沒有復(fù)制,因此根本無法進(jìn)化。
這種病毒出現(xiàn)的最可能的原因是,蝙蝠攜帶這種病毒的近親感染了一個(gè)人,可能是有人捕獵野生動(dòng)物為食,野生動(dòng)物感染了他們。正是這個(gè)過程導(dǎo)致了SARS、埃博拉、艾滋病毒和許多其他新疾病的出現(xiàn)。
如果想了解為什么會(huì)出現(xiàn)新的病毒,我們就應(yīng)該把重點(diǎn)放在使野生動(dòng)物和人類接近的活動(dòng)上,比如森林砍伐、道路建設(shè)、獵食野生動(dòng)物和野生動(dòng)物貿(mào)易。當(dāng)科學(xué)家的工作對(duì)人類健康如此重要之時(shí),我們需要停止責(zé)備他們。
南方周末:武漢病毒所在發(fā)現(xiàn)BatCoV RaTG13近七年內(nèi),不對(duì)外公布其相關(guān)資料,特別是不公布相應(yīng)蛋白序列與模型的選擇,這種做法是病毒學(xué)研究的常規(guī)操作嗎?還是說,有著不合理的地方?
彼得·達(dá)薩克:通過快速生成短序列,我們已經(jīng)在中國的蝙蝠體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了五百多種新的病毒。測(cè)序整個(gè)基因組需要做更多的工作,需要資金和時(shí)間來完成。然后分析序列,接著發(fā)表論文。我們不可能馬上做所有的工作,因?yàn)橘Y金會(huì)用完,所以我們首先關(guān)注與SARS最密切相關(guān)的工作。
我想當(dāng)這個(gè)新型冠狀病毒被發(fā)現(xiàn)時(shí),武漢病毒學(xué)研究所研究了所有蝙蝠的短序列,發(fā)現(xiàn)RaTG13看起來很相似,所以對(duì)整個(gè)基因組進(jìn)行了排序,然后對(duì)此進(jìn)行發(fā)表。這完全是合理、明智的。
在此次疫情暴發(fā)之前,如果我們知道已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了更接近SARS的病毒,而只對(duì)一種與SARS相似度只有80%的病毒進(jìn)行全基因組測(cè)序,那是不明智的。現(xiàn)在,我們知道蝙蝠體內(nèi)還有其他潛在的致病性病毒,我認(rèn)為我們需要做更多的工作,從野生動(dòng)物中取樣和鑒定病毒。
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